人文社會科學

中亞文明與西向開放協同創新（培育）中心　　　　 新疆少數民族教育發展與教育政策研究中心

兵團屯墾戍邊研究中心　　　　　 公司治理與管理創新研究中心　　　兵團屯墾經濟研究中心

新疆非物質文化遺產研究中心　　　新疆社會治理現代化研究中心　　　中國特色社會主義理論體系研究中心

兵團金融發展研究中心　　　　　　棉花經濟研究中心　　　　　　　　農業現代化研究中心

石河子大學心理應用研究中心

工程科學

新疆特色果蔬貯藏加工教育部工程研究中心　　　　　　綠洲農業工程與信息化教育部工程研究中心

特色作物生產機械裝備國家地方聯合工程實驗室　　　　特色果蔬國家地方聯合工程研究中心

空間信息獲取與應用技術國家地方聯合工程實驗室　　  新疆兵團化工綠色過程國家重點實驗室

兵團農業機械重點實驗室　　　　　　　　　　　　　 現代節水灌溉兵團重點實驗室

兵團空間信息工程技術研究中心           石河子大學分析測試中心

新疆兵團特色果蔬加工工程技術研究中心　　　　　　　材料化工工程技術中心

材料化工重點實驗室　　　　　　　　　　　　　　　　農產品加工工程重點實驗室

農業部西北農業裝備重點實驗室     氯堿化工清潔生產與產品高值化技術協同創新（培育）中心  

醫學科學

新疆地方與民族高發病教育部省部共建重點實驗室　　　 新疆植物藥資源利用教育部重點實驗室

新疆地方性高發病國家國際科技合作基地　　　　　　　 西部地區高發人獸共患傳染性疾病防治協同創新中心

農學科學

新疆兵團綠洲生態農業國家重點實驗室　　　　　　　　  特色果蔬栽培生理與種質資源利用兵團重點實驗室

新疆綠洲農業病蟲害治理與植保資源利用重點實驗室　　　棉花生產技術現代化協同創新中心

動物疾病防控兵團重點實驗室　　　　　　　　　　　　  動物遺傳改良與疾病控制重點實驗室

動物健康養殖國際聯合研究中心